Картина рассказывает о молодых годах профессора Чарльза Ксавье и Магнито. О том, что ранее они были неразлучными верными друзьями. О времени создания школы профессора для «одарённых» детей. И что произошло, из-за чего лучшие друзья стали злейшими врагами. Чарльз Ксавье был одарённым молодым учёным, искавшим в тайнах генетики разгадку своих необычных способностей. Магнито в детстве попал в руки фашистского врача Себастьяна Шоу, ставившего опыты над детьми-мутантами. И теперь искал своего мучителя, чтобы отомстить. К поискам Шоу, пытавшегося развязать третью мировую войну, используя сверхъестественные способности, присоединяется Чарльз, работающий по заказу ЦРУ. Чтобы научиться управлять своим необычным даром, друзья отправляются в первый класс.